O Centro Cirúrgico da Santa Casa de Assis é um dos mais modernos de Assis e Região. ​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​São 6 salas cirúrgicas, com equipamentos de última geração, que permitem a realização de exames antes, durante e após a cirurgia, garantindo mais segurança para o paciente. 

A unidade cirúrgica realiza em média de 500 cirurgias ao mês e atende as especialidades cirúrgicas de Cirurgia Geral, Gastroenterológica, Otorrinolaringologia, Vascular, Plástica, Oftalmológica, Ginecologia, Odontologia, Pediátrica, Urologia e Ortopédica, sendo referência principal a Ortopédica.